Myra’nın Likya bölgesinin başkenti seçilişinin nedenini, ticari ve ekonomik olduğu kadar,St. Nikolaus’un mezarının bu kentte olması ile de açıklamak mümkündür.Hıristiyanlığın başlangıcından itibaren Likya’nın en ünlü ve önemli kenti Myra’dır.Myra’da farklı dönemlerde yaşamış iki Nikolaos bulunmaktadır. 4. Yüzyılda yaşamış Myra’lıNikolaosve 6. yüzyılda yaşamış SionluNikolaos’danMyra’lıNikolaos hakkında çok bilgi bulunmazken, Sion’luNikolaos’un din adamlarını Myra’da bir araya getirmesinin ardından St. Nikolaos kilisesinin asıl popülerliğini kazandığı ve hac merkezi olarak yoğun ziyaretlerin başladığı bilinmektedir.
807 yılında Abbasi komutanlarından birisi Rodos seferi sonrası Myra’ya gelerek St.Nikolaos’un mezarını tahrip etmek istemiş ama bu istek başarısızlıkla sonuçlanmıştır.1087’de bir gurup Barili tüccar St.Nikolaos’un kemiklerini Bari’ye taşımıştır.1204’ten sonra bölgenin Türklerin eline geçmesine karşın Myra’daki dini işleyiş devam etmiştir.13. yüzyılın ortalarında Myra’da büyük bir sel olmuş ve Kilise alüvyona gömülmüştür. 15. yüzyılda Myra piskoposluklar listesinden silinmiştir. 17. yüzyılda dini merkez olma özelliğini Meis’e devretmiştir. St.Nikolaus’un kilisesi mimari ve duvar resimleriyle Bizans sanatı içinde önemli bir yere sahiptir.Bizans sanatında 4. yüzyılda yaşamış Myra’lıNikolaos ile 6.Yüzyılda yaşayan Myra’ya yakın Sion manastırının kurucusu Nikolaos, 9.-10.yüzyıllarda bir figür içinde kaynaştırılmış, SionluNikolaus’un yaptığı mucizeler Myra’lıNikolaus’un basit yaşam hikayesini tamamlamaya yardımcı olmuştur. Aziz, denizcilerin, çocukların, tüccarların, gezginlerin, askerlerin ve yoksulların koruyucusu olarak bilinmektedir.
St. Nikolaos’un kemikleri, kilisede hacıların adak olarak getirdikleri yağ ile sürekli yenilenen bir lahit de korunmuştur. Kemiklere değerek kutsallaştığı düşünülen yağı hacılar şifa bulmak amacıyla yanlarında götürmüştür. Her ne kadar Aziz Nikolaos’un kemikleri 11. yüzyılda İtalyan tüccarlar tarafından kaçırılarak Bari’ye götürülmüş ve kutsal yağ artık kalmamış olsa da Aziz’in yaşadığı ve öğretisini geliştirdiği Myra’daki kilise kutsallığını hala devam ettirmektedir.
St.Nikolaos kilisesi yapı olarak orta Bizans dönemine ait kubbeli bir bazilika olup İstanbul Aya Sofyası ve Efes Yahya Kilisesinden sonra uzmanlar tarafından Anadolu’daki üçüncü en önemli Bizans yapısı olarak kabul edilmektedir. Kilise, piskoposu olan St.Nikolaos’a ithaf edilmiştir.Kilisenin belli başlı üç yapı dönemi vardır. Bunlardan ilki 529 yılı depremi sonrasıdır. İlk yapının 8.yüzyılda bir deprem yada Arap akınları sonucunda yıkılmış ve üzerine bugünkü kubbeli bazilikanın inşa edildiği kabul edilmektedir. Kazılar sonucunda tespit edilen veriler, ilk yapının kubbeli bazilikadan daha büyük olduğunu belgelemektedir. Üç nefli ikinci yapıda orta nef, yan neflerden ikişer paye ile ayrılmaktadır. Yapının doğusunda içten yuvarlak, dıştan üç cepheli apsis ve dikdörtgen bema vardır. Orta nef batıda üç geçitle nartekse açılmaktadır. 3. Yapı dönemi ise 11.yüzyıl ortalarında kubbeli bazilikanın kuzey ve güneyindeki ek yapılardır.Ek yapılar, kuzeydeki mekanlar ve güneydeki mezar mekanı ile bu mekanın doğusundaki 3. güneydoğu şapeldir. Serbest haç planlı 3. güneydoğu şapelin batı haç kolunda kuzey ve güneyde mezar nişleri yer almaktadır.11. ve 12. yüzyıllarda kilise de kaba onarımlar yapılmıştır.Kilisenin kuzeydoğusundaki ek yapı dizisi ek mezar geleneğinde yaşatılan, ancak anıtsallığı ve mimari özellikleri ile Ortaçağın ünik bir eseri olarak kabul edilmektedir.1862 yılında Rus Hükümetinin emriyle üst yapının büyük bölümü yenilenmiş ve özgün kubbe bir çapraz tonozla değiştirilmiştir. Bu dönemde zemin katın büyük bölümü toprak altında olan kilisenin içine giriş için galeri katına bir kapı ve güneybatı çan kulesi eklenmiştir.
Kazılar sırasında bulunan ve Nikolaos’un yaşam sahneleri ile mucizelerini içeren siklus, Türkiye’de ilk ve tek örnektir. Aziz, kilisedeki tasvirlerinde geniş alınlı, seyrek beyaz saç ve kısa sakallı, mütevazi keşiş yaşamını ifade eden çökük şakak ve gözlerle, piskopos kıyafetleri içerisinde tasvir edilmiştir. Kilisede Azizin, büyülü bir hastayı iyileştirmesi, deniz mucizesi, çocuğu olmayan bir kadını iyileştirme sahnesi gibi mucizeleri resmedilmiştir.